岱山共有404个岛屿和126个海礁，是全国岛礁最多、最集中的海岛县。为保护无居民海岛及其海洋生态系统，重点保护原生态岛礁、经济价值较大的海洋渔业资源、海滩岩、野生河麂、野生柃木、自然景观与历史遗迹等，2004年，岱山启动了东部岛礁海洋特别保护区的建设工作，其中就包括“中国岛礁博物馆”。东部岛礁海洋特别保区总面积约为420km²。在这个保护区内，共有面积大于500m²的大小岛屿134个、海礁69个。根据规划布局，岱山东部岛礁海洋特别保护区分为10大功能区，除了“中国岛礁博物馆”外，还有“海洋生态及岛礁资源保护区”、“岱衢洋渔业资源增殖保护区”、“小沙河海滩岩自然保护区”、“珍稀与濒危动物保护区”、“大长涂海洋生态渔业开发区”、“海岛生态旅游景观区”、“海上休闲渔业区”、“渔业生产基地功能区”、“海岛生态农牧基地功能区”。中国岛礁博物馆的建设理念、经营特色与岱山县其他已建或规划建设的海洋博物馆并不相同，而是将整个海洋特别保护区广阔海域作为中国岛礁博物馆的天然舞台，建成一个开放式的露天式的岛礁自然博物馆。利用岱山东部岛礁区内类型各异的海岛、海礁以及丰富多彩的各种海岛、海洋资源，进行适当分类和整合，开发游艇观光、海上垂钓、荒岛探险、海上娱乐等项目，将海上观光、海岛保护与海洋科普有机结合起来，由此获得良好的社会效益、生态效益和经济效益。